單細胞和微量細胞甲基化測序技術

單細胞和微量細胞甲基化測序技術是運用線性擴增技術，對單個細胞基因組DNA的甲基化水平進行單堿基精確檢測。分離單細胞后，將細胞用特殊的裂解液進行裂解，并直接進行重亞硫酸鹽處理進行轉換。轉換后的DNA作為模板，經隨機引物擴增后進行高通量測序，檢測全基因組的甲基化水平。

單細胞和微量細胞甲基化測序技術該技術可應用于研究單個細胞內的基因組甲基化圖譜，對胚胎發育、腫瘤干細胞等微量或異質性細胞的甲基化研究提供有力的研究策略。單細胞RRBS測序（scRRBS）是將單細胞分離后，通過單管酶反應，將細胞裂解后的基因組DNA連接接頭，特異性的檢測單個細胞的CpG島和啟動子等區域的甲基化信息。該技術可運用于胚胎發育、腫瘤干細胞等微量或異質性細胞的甲基化研究。微量甲基化測序是指對5-10ng的基因組DNA或片段化的DNA，進行全基因組甲基化檢測的技術。微量DNA樣本的甲基化測序技術可應用于病灶組織、FFPE樣本和cell-free DNA甲基化檢測分析。

數據解讀分析內容

1. 基本數據處理：
   • 原始數據評估，去除接頭與過濾低質量數據；
   • reads數量以及數據產出統計。
2. 基礎生物學信息分析：
   • 將測序數據與參考基因組比對，統計比對結果；
   • 基于比對結果，統計各C位點的甲基化修飾信息；
   •  測序數據的堿基覆蓋深度及覆蓋度統計；
   • 胞嘧啶（CG、CHG、CHH）甲基化水平統計；
   •  基因組甲基化分布及修飾特征分析；
3. 高級生物學信息分析：
   •  結合項目背景的差異甲基化修飾位點(DMS)的鑒定、注釋和分布分析；
   • 結合項目背景的差異甲基化修飾區域(DMR)的鑒定、注釋和分布分析；
   • 結合項目背景的差異甲基化修飾基因的功能、通路和疾病等富集分析;
   • 結合項目背景，與其他多組學數據的關聯分析。

樣本要求

1. 細胞分離：由合作方完成單細胞分離;
2. 樣品要求：單個細胞染色質DNA量在0.5 pg-1 ng的范圍，單細胞樣本體積以不超過2μl;
3. 單細胞送樣量：單細胞基因組擴增，建議重復單細胞樣本個數不小于3個;
4. 微量樣本DNA送樣要求：單個樣本DNA量≥5ng，體積不超過30μl，無污染;
5. 樣品寄送：*使用0.2mL平蓋PCR管收集樣品。用Parafilm封口膜纏繞封口，裝入PCR管盒，橡皮筋固定，再裝入自封袋，大體積干冰運輸