單細胞全基因組甲基化測序技術

單細胞全基因組甲基化測序技術（Single-cell Bisulfite Sequencing, scBS-Seq）是運用線性擴增技術，對單個細胞基因組DNA的甲基化水平進行單堿基精確檢測。分離單細胞后，將細胞用特殊的裂解液進行裂解，并直接進行重亞硫酸鹽處理進行轉換。轉換后的DNA作為模板，經(jīng)隨機引物擴增后進行高通量測序，檢測全基因組的甲基化水平。該技術可應用于研究單個細胞內的基因組甲基化圖譜，對胚胎發(fā)育、腫瘤干細胞等微量或異質性細胞的甲基化研究提供有力的研究策略。

單細胞全基因組甲基化測序技術是將單細胞分離后，通過單管酶反應，將細胞裂解后的基因組DNA連接接頭，特異性的檢測單個細胞的CpG島和啟動子等區(qū)域的甲基化信息。該技術可運用于胚胎發(fā)育、腫瘤干細胞等微量或異質性細胞的甲基化研究。

微量甲基化測序是指對5-10ng的基因組DNA或片段化的DNA，進行全基因組甲基化檢測的技術。微量DNA樣本的甲基化測序技術可應用于病灶組織、FFPE樣本和cell-free DNA甲基化檢測分析。

數(shù)據(jù)解讀分析內容

1. 基本數(shù)據(jù)處理
   • 原始數(shù)據(jù)評估，去除接頭與過濾低質量數(shù)據(jù)；
   • reads數(shù)量以及數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計。
2. 基礎生物學信息分析
   • 將測序數(shù)據(jù)與參考基因組比對，統(tǒng)計比對結果；
   • 基于比對結果，統(tǒng)計各C位點的甲基化修飾信息；
   • 測序數(shù)據(jù)的堿基覆蓋深度及覆蓋度統(tǒng)計；
   • 胞嘧啶（CG、CHG、CHH）甲基化水平統(tǒng)計；
   • 基因組甲基化分布及修飾特征分析；
3. 高級生物學信息分析
   • 結合項目背景的差異甲基化修飾位點(DMS)的鑒定、注釋和分布分析；
   • 結合項目背景的差異甲基化修飾區(qū)域(DMR)的鑒定、注釋和分布分析；
   • 結合項目背景的差異甲基化修飾基因的功能、通路和疾病等富集分析；
   • 結合項目背景，與其他多組學數(shù)據(jù)的關聯(lián)分析。

樣本要求

1. 細胞分離：由合作方完成單細胞分離
2. 樣品要求：單個細胞染色質DNA量在0.5 pg-1 ng的范圍，單細胞樣本體積以不超過2μl;
3. 單細胞送樣量：單細胞基因組擴增，建議重復單細胞樣本個數(shù)不小于3個
4. 微量樣本DNA送樣要求：單個樣本DNA量≥5ng，體積不超過30μl，無污染
5. 樣品寄送：*使用0.2mL平蓋PCR管收集樣品。用Parafilm封口膜纏繞封口，裝入PCR管盒，橡皮筋固定，再裝入自封袋，大體積干冰運輸